【単行本】
　遠い足の話（'10/新潮社）
　熊にみえて熊じゃない（'10/マガジンハウス）
　赤ずきん（'09/フェリシモ出版）
　四とそれ以上の国（'08/文藝春秋）
　みずうみ（'07/河出書房新社）
　いしいしんじのキューバ日記（'06/マガジンハウス）
　雪屋のロッスさん（'06/メディアファクトリー）
　ポーの話（'05/新潮社）
　白の鳥と黒の鳥（'05/角川書店）
　絵描きの植田さん（'03/ポプラ社）
　プラネタリウムのふたご（'03/講談社）
　麦ふみクーツェ（'02/理論社）
　トリツカレ男（'01/ビリケン出版）
　ぶらんこ乗り（'00/理論社）
　グレートピープル。ストレンジ。（'00/日之出出版）
　うなぎのダンス（'98/アスペクト）
　とーきょーいしいあるき（'96/東京書籍）
　なきむしヒロコちゃんはかもしれない病かもしれない（'95/講談社）
　アムステルダムの犬（'94/講談社）

【文庫本】
　みずうみ（'10/河出書房新社）
　アルプスと猫―いしいしんじのごはん日記３―（'10/新潮社）
　白の鳥と黒の鳥（'08/角川書店）
　うなぎのダンス（'08/河出書房新社）
　ポーの話（'08/新潮社）
　三崎日和―いしいしんじのごはん日記２―（'08/新潮社）
　絵描きの植田さん（'07/新潮社）
　東京夜話（'06/新潮社）（とーきょーいしいあるき改題）
　プラネタリウムのふたご（'06/講談社）
　いしいしんじのごはん日記（'06/新潮社）
　トリツカレ男（'06/新潮社）
　麦ふみクーツェ（'05/新潮社）
　ぶらんこ乗り（'04/新潮社）

【共著・アンソロジー】
　東と西２ （'10/小学館）（吉村萬壱/他）
　きみが見つける物語 十代のための新名作 不思議な話編 （'10/角川文庫）（筒井康隆/他）
　東と西１ （'09/小学館）（森絵都/他）
　ひと粒の宇宙（'09/角川文庫）（石田衣良/他）
　金原瑞人YAセレクション みじかい眠りにつく前に�T 真夜中に読みたい10の話（'08/ピュアフル文庫）（恩田陸/他）
　本からはじまる物語（'07/メディアパル）（恩田陸/他）
　中学生のためのショート・ストーリーズ5（'07/学研）（星新一/他）
　パウル・クレー 絵画のたくらみ（'07/新潮社）（前田富士男・宮下誠）
　極上掌篇小説（'06/角川書店）（石田衣良/他）
　人生を歩け！（'06/毎日新聞社）（町田康）
　Love Letter（'05/幻冬舎）（石田衣良/他）
　人生を救え！（'01/毎日新聞社）（'06/角川文庫）（町田康）
　その辺の問題（'98/リクルートダ・ヴィン）（'01/角川文庫）（中島らも）
　シーラカンス（'97/金の星社）（しみずたかひこ）（初出90年）

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